Satu tahun telah berlalu sejak Pemberontakan Hitam, sebuah pemberontakan yang gagal melawan Kekaisaran Britannia Suci yang dipimpin oleh Zero ningrat yang bertopeng, yang sekarang hilang. Merasa kehilangan tanpa pemimpin revolusioner mereka, kelompok perlawanan Area 11 – Black Knights – menemukan diri mereka terlalu tidak berdaya untuk memerangi kebrutalan yang ditimpakan pada Elevens oleh Britannia, yang telah meningkat secara signifikan untuk menghancurkan harapan pemberontakan di masa depan.
Lelouch Lamperouge, setelah kehilangan semua memori kehidupan ganda, hidup dengan damai bersama teman-temannya sebagai siswa sekolah menengah di Ashford Academy. Mantan partnernya, C.C., tidak dapat menerima pergantian peristiwa ini, membawanya pada dirinya sendiri untuk mengingatkannya akan tujuan masa lalunya, berharap bahwa Zero dalang akan bangkit sekali lagi untuk menyelesaikan apa yang dia mulai, dalam kesimpulan yang mendebarkan ke seri ini.
