Perwira Pasukan Bela Diri Jepang (JSDF) yang tidak bertugas dan otaku, Youji Itami, sedang dalam perjalanan untuk menghadiri konvensi doujin di Ginza, Tokyo ketika sebuah portal misterius dalam bentuk gerbang besar tiba-tiba muncul. Dari gerbang ini, makhluk-makhluk gaib dan prajurit yang mengenakan baju zirah abad pertengahan muncul, menerobos kota, membunuh dan menghancurkan segalanya di jalan mereka. Dengan tindakan cepat, Youji menyelamatkan sebanyak mungkin kehidupan sementara JSDF lainnya mengarahkan upaya mereka untuk menghentikan invasi.
Tiga bulan setelah serangan itu, Youji ditugaskan memimpin tim pengintaian khusus, sebagai bagian dari gugus tugas JSDF, yang akan dikirim ke dunia di luar gerbang — sekarang disebut sebagai “Wilayah Khusus”. Mereka harus melakukan perjalanan ke dunia yang tidak diketahui ini untuk mempelajari lebih lanjut tentang apa yang mereka hadapi dan berusaha untuk berteman dengan penduduk setempat dengan harapan menciptakan hubungan damai dengan kekaisaran yang berkuasa. Tetapi jika mereka gagal, mereka menghadapi konsekuensi dari berpartisipasi dalam perang yang menghancurkan yang akan menelan kedua sisi gerbang.
