Seratus tahun setelah bencana pergeseran lempeng tektonik menyebabkan sebagian besar wilayahnya tenggelam, Jepang sekarang berkembang sebagai negara maritim. Kota-kota yang berfungsi tinggi di garis pantai Jepang, dan rute laut yang berkembang baik dipertahankan oleh kapal-kapal angkatan laut khusus. Industri kelautan berkembang pesat, dan gadis-gadis muda bersemangat untuk bergabung dengan Blue Mermaids — wanita yang sangat terampil yang mengabdikan hidup mereka untuk melindungi lautan.
Setelah beberapa waktu terpisah, teman-teman masa kecil Akeno Misaki dan Moeka China bersatu kembali di Sekolah Tinggi Laut Yokosuka Girls ‘. Di sini mereka bergabung dengan orang lain yang berbagi impian mereka menjadi Blue Mermaids. Segera, latihan dimulai, dengan Akeno dan Moeka yang bertanggung jawab atas kapal dan kru mereka sendiri. Semuanya berjalan dengan mulus untuk Akeno saat ia beradaptasi dengan perannya sebagai kapten dan membangun persahabatan antara sesama anggota awaknya di atas kapal Harekaze, kapal perusak. Namun, kegagalan mesin dan navigasi yang tak terduga segera meninggalkan kapal mereka terdampar dan awak kapal dalam bahaya.
Armada SMA mengikuti kru gagah berani Harakaze ketika mereka menavigasi perairan berbahaya dan rintangan lain dalam pencarian mereka untuk menjadi Putri Biru yang sepenuhnya matang.
