Shido Itsuka, yang dulunya adalah siswa SMA biasa di Raizen High, bertemu dengan Spirit yang pertama, Tohka, dan membangkitkan kekuatannya untuk “menyegel kekuatan Roh”. Meskipun mereka mungkin ditakuti dan dibenci makhluk karena kekuatannya yang besar, Roh selalu sendirian dan hanya tahu pertempuran dan kematian. Shido, satu-satunya di dunia dengan kekuatan untuk menyegel kekuatan para Spirit, melemparkan dirinya ke dalam kencan yang mengancam jiwa dengan para Spirit yang indah untuk menyelamatkan mereka.