Cinque Izumi, Nanami Takatsuki, dan Rebecca Anderson harus memulai sekali lagi petualangan mereka di dunia Flonyard dan berpartisipasi dalam game perang persahabatan dengan ke 3 negara serumpun, Biscotti Republic, Galette, dan Pastilage. Cinque adalah pahlawan Biscotti, yang juga merupakan sepupu pahlawan Galette, Nanami. Rebecca adalah pahlawan Pastillage dan sahabat Cinque.
Dog Days Season 3 dimulai dari bumi, Rebecca menyiapkan barang-barangnya untuk perjalanannya kembali ke Pastilage dari Jepang. Sementara itu, Cinque dan Nanami berangkat untuk melakukan perjalanan ke Biscotti dan Galette, tiba-tiba ketidak beruntungan pun datang pada mereka. Mereka terdampar di Hutan Naga, dilindungi oleh Pendeta Naga bernama Sharu. Sang Pendeta Naga memberitahu mereka bahwa iblis mengancam untuk menyerang hutan, serta seluruh benua Flonyard! Disinilah Ketiga pahlawan ini harus beraksi.