Organisasi militer swasta bernama Mithril dilengkapi oleh senjata yang canggih serta peralatan khusus untuk membasmi terorisme dan ancaman yang mengganggu kedamaian dunia. Organisasi ini didukung oleh “Whispered” seorang individu yang mempunyai pengetahuan luas dan kemampuan yang luar biasa dalam menciptakan perangkan dan mesih yang canggih.
Seorang sersan berusia 17 tahun bernama Sousuke Sagara berkerja untuk Mithril dan ditugaskan untuk melindungi Kaname Chidori, yang merupakan kandidat “whispered”. Sousuke juga diperintahkan untuk bergabung kesekolahnya agar bisa mengawasi Kaname lebih dekat dan mencegah ancaman musuh. Namun Sousuke harus menjaga identitas aslinya kepada teman-teman disekolah.
Sousuke yang dibesarkan di medan pertempuran dan memiliki sedikit pengalaman dalam sekolah menengah, kini harus beradaptasi dengan kehidupan sekolah normal demi melindungi Kaname. Pasukan musuh juga mulai bergerak, itu berarti Sousuke harus menjaga Kaname lebih ketat lagi dari ancaman musuh.
