Jepang, 2039. Sepuluh tahun setelah pecahnya “Apocalypse Virus,” sebuah peristiwa yang secara khidmat dianggap sebagai “Kehilangan Natal,” bangsa yang dulu bangga telah jatuh di bawah kekuasaan GHQ, sebuah kekuatan militer independen yang didedikasikan untuk memulihkan ketertiban. Funeral Parlor, kelompok gerilya yang dipimpin oleh Gai Tsutsugami yang terkenal, bertindak sebagai pejuang kemerdekaan, menawarkan satu-satunya perlawanan terhadap despotisme GHQ yang kejam.
Inori Yuzuriha, seorang anggota kunci dari Funeral Parlor, bertemu dengan Shuu Ouma yang lemah dan tidak ramah selama operasi penting, yang menghasilkan dia mendapatkan “Power of Kings” – kemampuan yang memungkinkan pengguna untuk menarik keluar manifestasi dari kepribadian seseorang. , atau “void.” Sekarang seorang peserta yang tidak mau dalam perjuangan melawan GHQ, Shuu harus belajar untuk mengendalikan kekuatan barunya jika dia ingin membantu mengembalikan Jepang sekali dan untuk selamanya.
Guilty Crown mengikuti cerita penuh aksi dari seorang siswa SMA yang terseret ke dalam perang, memiliki kemampuan yang akan membantunya mengungkap rahasia GHQ, Funeral Parlour, dan Lost Christmas. Namun, dia akan segera belajar bahwa kebenaran datang dengan harga yang jauh lebih besar daripada yang pernah dibayangkannya.