Mahiro Yasaka hanyalah seorang siswa sekolah menengah biasa, sampai suatu hari dia tiba-tiba diserang oleh monster berbahaya. Ketika semuanya tampak hilang, ia diselamatkan oleh seorang gadis berambut perak bernama Nyaruko, yang mengklaim sebagai dewa pengubah bentuk Nyarlathotep dari penulis horor H. P. Lovecraft, Cthulhu Mythos, yang dikirim oleh Badan Pertahanan Luar Angkasa ke Bumi. Dia menjelaskan kepada Mahiro bahwa makhluk yang mengejarnya adalah alien bernama Nightgaunt, yang berencana menculik dan menjualnya sebagai budak.
Setelah menyelamatkannya dari alien, dewa Lovecraftian jatuh cinta dengan Mahiro dan memaksa dirinya ke dalam rumah tangganya, yang membuatnya kecewa. Selain itu, mereka segera bergabung dengan dua orang lainnya dari dunia fiksi: Cthuko, seorang gadis yang terobsesi dengan Nyaruko, dan Hasuta, seorang anak muda yang dengan mudah disalahartikan sebagai wanita cantik. Bersama-sama, tiga alien eksentrik melindungi Mahiro dari berbagai bahaya luar angkasa yang mengancam baik dirinya dan Bumi, semua sementara membuat hidupnya seperti neraka.
