Saat Perang Dunia II berakhir pada tahun 1945, Jepang menghadapi kehancuran yang meluas dalam bentuk pemboman Amerika, menghancurkan kota demi kota. Hotaru no Haka, juga dikenal sebagai Makam Kunang-kunang, adalah kisah Seita dan saudara perempuannya Setsuko, dua anak Jepang yang hidupnya dirusak oleh perang brutal. Mereka telah kehilangan ibu mereka, ayah mereka, rumah mereka, dan prospek masa depan yang cerah — semua konsekuensi tragis dari perang.
Sekarang menjadi yatim piatu dan tunawisma, Seita dan Setsuko tidak punya pilihan selain menyeberang pedesaan, dilanda kelaparan dan penyakit. Bertemu dengan sikap apatis orang dewasa di sepanjang jalan, mereka menemukan bahwa keadaan putus asa dapat membuat orang yang paling baik hati menjadi kejam, namun harapan masa muda mereka bersinar cerah di hadapan kesulitan yang tak henti-hentinya, mencegah saudara kandung dari cepat menyerah pada nasib yang tak terhindarkan.