Pada tahun 1868, Dario Brando menyelamatkan nyawa seorang bangsawan Inggris, George Joestar. Dengan menerima putra Dario, Dio, ketika anak lelaki itu menjadi yatim, George berharap untuk membayar utang yang harus dibayarnya kepada penyelamatnya. Namun Dio, tidak puas dengan posisinya dalam hidup, bercita-cita untuk merebut rumah Joestar untuk rumahnya sendiri. Mengenakan topeng batu Aztec dengan sifat supranatural, ia berangkat untuk menghancurkan George dan putranya, Jonathan “JoJo” Joestar, dan memicu serangkaian peristiwa yang akan terus bergema selama bertahun-tahun yang akan datang.
Setengah abad kemudian, di New York City, cucu Jonathan Joseph Joestar menemukan warisan yang ditinggalkan kakeknya untuknya. Ketika penggalian arkeologis menggali kebenaran di balik topeng batu, ia menyadari bahwa ia adalah satu-satunya yang dapat mengalahkan Manusia Pilar, makhluk mistis dari kekuatan tak terukur yang secara tidak sengaja memulai segalanya.
Diadaptasi dari dua busur pertama dari seri manga aneh Hirohiko Araki, JoJo no Kimyou na Bouken mengikuti banyak ekspedisi mendebarkan dari JoJo dan keturunannya. Apakah itu berhadapan dengan Dio yang jahat, atau melawan Pilar Pilar yang menyeramkan, selalu ada banyak petualangan aneh di toko.