Agata Katsuhira, Takashiro Chidori, Tenga Hajime, Yuta Tsuguhito, Niiyama Niko, Maki Honoka, dan Hisomu Yoshiharu mendadak diculik oleh Sonozaki Noriko dan dibawa ke suatu laboratorium rahasia.
Kota tempat tinggal mereka bertujuh, Kota Sugomori, ternyata merupakan tempat untuk meneliti Kizuna System yang bertujuan mempererat hubungan sesama manusia.
Dan mereka terpilih untuk menguji Kizuna System tersebut sebagai Kiznaiver yang akan berbagi rasa sakit diantara mereka.
Meski awalnya tidak saling mengenal, mereka harus bekerja sama agar dapat bertahan melewati tantangan demi tantangan yang diberikan Sonozaki hingga musim panas berakhir.
