Anime ini bercerita tentang Hanato Kobato, seorang gadis polos yang memiliki keinginan untuk pergi ke suatu tempat.
Agar keinginannya bisa terwujud, Kobato harus mengisi sebuah botol yang baru akan terisi jika Kobato berhasil menyembuhkan hati orang-orang yang terluka sampai penuh.
Dalam usahanya, Kobato dibimbing oleh Ioryogi, seekor anjing misterius yang dapat berbicara.
