Setiap hari, Aya Asagiri berpikir untuk bunuh diri. Dia diintimidasi tanpa henti di sekolah, dan di rumah, kakak laki-lakinya Kaname secara fisik melecehkannya untuk menghilangkan tekanan akademis yang diberikan padanya oleh ayah mereka.
Suatu malam, ketika dia terbangun dengan harapan mati, sebuah situs web misterius bernama Situs Gadis Ajaib muncul di laptop-nya, berjanji untuk memberikan kekuatan gaibnya. Pada awalnya, dia menolaknya sebagai lelucon yang menyeramkan, tetapi ketika dia menemukan senjata ajaib di loker sepatu hari berikutnya, dia tidak tahu harus percaya apa. Memutuskan untuk membawanya, dia segera bertemu dengan pengganggu sekali lagi. Tapi kali ini, putus asa untuk apa pun untuk menyelamatkannya, dia menggunakan pistol — dan penyerangnya diangkut ke persimpangan kereta api terdekat, di mana mereka ditabrak.
Hati nurani Aya tidak mampu menangani kenyataan bahwa dia membunuh dua teman sekelasnya dengan sihir, dan dia mati-matian mencoba memahami situasinya. Namun, ketika dia menemukan dirinya dalam masalah lagi, dia diselamatkan oleh Tsuyuno Yatsumura, seorang teman sekelas yang dapat menggunakan sihir untuk menghentikan waktu. Duo ini memiliki banyak hal yang harus dilakukan: mereka tidak hanya harus bertarung bersama dan melawan gadis penyihir lainnya, tetapi mereka juga perlu mengungkap kebenaran di balik situs web dan acara apokaliptik yang dikenal sebagai “The Tempest” yang akan segera terjadi.
