Ini adalah tahun 1983. Perang Dingin dalam efek penuh, dan manusia diserang. Alien aneh, diberi nama “BETA,” telah turun ke Bumi dengan tujuan menghancurkan semua kehidupan. Tentara telah ditugaskan untuk mengemudikan pakaian tempur besar yang disebut Tactical Surface Fighters (TSF) untuk mengusir penjajah asing, tetapi garis depan perlahan-lahan didorong kembali ke kota-kota yang masih hidup.
Schwarzesmarken mengikuti kisah Letnan Dua Theodor Eberbach dan anggota lain dari skuadron TSF ke-666, unit kejam yang menghargai penyelesaian misi atas kehidupan manusia. Ditempatkan di Jerman Timur dan dipimpin oleh pahlawan perang Kapten Irisdina Bernhard, unit ini mengkhususkan diri dalam serangan balik terhadap BETA kelas laser. Tetapi skuadron ke-666 menemukan dirinya dengan lebih banyak musuh daripada hanya pasukan asing ketika rookie optimis Katia Waldheim bergabung dengan skuadron, menarik perhatian polisi rahasia Jerman Timur, Stasi.
